Τα μπονσάι είναι ζωντανά, αναπτυσσόμενα δέντρα και ως εκ τούτου έχουν κατά καιρούς την ανάγκη κλαδέματος, για να διατηρήσουν το σχήμα και, κυρίως, την υγεία και τη ζωντάνια τους. Το κλάδεμα των βλασταριών επιτρέπει στο φως και τον αέρα να εισχωρήσουν, γεγονός που ενδυναμώνει τα εναπομείναντα φύλλα και κλαδιά, αλλά και ενθαρρύνει την περαιτέρω ανάπτυξη.
Για την εξέλιξη ενός μπονσάι υπάρχουν δύο προσεγγίσεις όσον αφορά το κλάδεμα, οι οποίες σχετίζονται με δύο διαφορετικούς στόχους. Το Διαρθρωτικό κλάδεμα στοχεύει στην απόδοση νέου σχήματος στο δέντρο, ενώ το κλάδεμα Συντήρησης έχει φυτολογικό χαρακτήρα και σχετίζεται με την ενδυνάμωση και αναζωογόνηση του δέντρου, ενθαρρύνοντας την ανάπτυξη νέων βλαστών και διασφαλίζοντας πως το δέντρο δεν θα αναπτυχθεί υπερβολικά σε σχέση με το ποτ στο οποίο έχει τοποθετηθεί. Αν αυτού του τύπου το κλάδεμα πραγματοποιηθεί με προσοχή θα μειωθούν τα διαστήματα μεταξύ των «ματιών», αυξάνεται η διακλάδωση, εξελίσσεται η εσωτερική ανάπτυξη και επέκταση. Όλα τα παραπάνω κάνουν το δέντρο να δείχνει πιο ώριμο και βελτιώνουν τη συνολική αισθητική του.